1,不同职业

持牌药剂师毕业于药学相关专业。主要课程基本上是化学课。几乎没有与诊断和治疗相关的课程，而那些执业医师毕业于医学相关专业。，分为不同的子专业，如临床医学。

2,不同管理部门

二者分属不同部门，执业药师由食品药品监督管理局管理，执业医师由当地卫生行政部门管理。

3,不同的工作单位

执业药师主要分布在药品生产基地、药品研究所、医院药房、众多药品零售药房及相关管理机构。事实上，在医院药房工作的人员实际上是持有医疗证明的医务人员。执业药师分布于各大医疗机构、医学研究机构及相关管理机构。

4,证书使用的不同规则

都是国家统一考试通过后颁发的执照，但是

有执照的药剂师的执照在全国很普遍。执业医师证书只能在其所属医院使用。更换工作医院必须更换执业证书。可见，政府对医生行业的管理和监督非常严格。